2009—2010学年度，学校共获得国家技术发明二等奖1项，广东省科学技术奖二等奖1项，教育部高等学校科学研究优秀成果奖二等奖2项，三等奖2项 。2008年至2011年，学校共获得国家社科基金重大项目教育部重大攻关项目各2项，总数列广东省高校第一。“十一五”期间，学校承担国家级百万元以上项目40项，其中“水体污染控制与治理”国家科技重大专项1项；“重大新药创制”科技重大专项11项，数量为广东省第一，获批经费1810 万元。此外还承担“973”、“863”项目多项。仅2010年，就获国家自然科学基金99项 。

2009年暨大科研经费首次突破2亿元，2010年达到2.69亿元，预计今年能够突破3亿元。在承担国家重大科研项目方面，2010年暨大共获得国家自然科学基金项目99项，经费突破3000万元，分别是2005年的3.5倍和5.2倍，在广东高校中位居第三。2009年，暨大发表论文被SCI、EI等三大索引收录论文670篇，比2005的443篇增长了53%。文科方面，“十一五”期间，暨大共获省部级以上奖励74项，比“十五”期间的47项增长了57%